CD_Fit5 簡易操作說明

1. 點選你的CD光譜檔案然後按下 "plot"鈕.

     光譜檔案格式為csv，第一行是波長 (單位為 nm)第二行則是CD 訊號。兩行資料以逗號分隔，而波長的間隔則是1 nm。目前有3種CD訊號的單位可以選擇，包括實驗後的直接數據milli-degree，MRE (mean residue ellipicity;deg.cm^2.dmol^-1)，delta-epsilon (M^-1.cm^-1)。你只要下載以下3個不同的CD訊號檔案範例 BAS_mdeg.csv， BSA_MRE.csv， BSA_dE.csv. 然後照著格式修改自己的實驗數據就可以了。 如果數據是原始實驗結果，你還需要輸入光徑 (mm)，蛋白質濃度(mM)以及此案白質的胺基酸數目方可進行計算。

2. 點選你的匹配參數然後按下"Match Run"鈕
     "Match Run"之前有3個參數需要被確認， 第一是選擇你要計算的波長範圍 (CD_Fit5程式的範圍目前是 175 nm 到 260 nm)。 第二個參數是蛋白濃度是否包含在計算之中；如果你不能確定查詢蛋白的濃度，或者你只是想配對CD曲線的形狀，你可以將"conc. constrain" [濃度約束]的選擇框取消。第三是參考資料集的配對是否事先被固定，CD_Fit5程序會比較所有蛋白質資料集，然後找出最佳配對蛋白質。如果你只想使用某一個特定的蛋白質來配對，您可以通過選擇框啟動“File Fixed”。你也可以建立一個用戶定義的CD光譜加載到程序中[第二行位置]，用戶定義的CD光譜的格式，可參考 User_difine.csv。

3. 調整 "Match/ MLR" 的比例然後按 "Fit_5"鈕
     最後，調整配對蛋白質和多重線性回歸的百分比。透過不同比例的"Match/MLR"嘗試將NRMS值調整出一個較低的值是一個建議選項，不過以原定的90%也是一個步錯的選擇。